快速DNA连接模块 NGS建库模块|DNA Ligation Module
产品说明书
FAQ
COA
已发表文献
Hieff NGS® Ultima DNA Ligation Module是针对Illumina®与MGI®高通量测序平台文库构建专业设计的DNA连接模块，其中最大的亮点为本产品采用一款我公司自主研发的高效连接酶Fast T4 DNA ligase。本产品可在双链平末端DNA片段或双链3´-dA DNA片段的两端连接Illumina®与MGI®测序平台适用的DNA接头，具有连接效率高、简便、可实现自动化等优势。
本产品已与Hieff NGS® Ultima Endperp Mix（Cat#12605），2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification（Cat#12621）共同用于DNA文库构建，通过Illumina®高通量平台测序验证其有效性。
本产品已与Hieff NGS® Ultima Endprep Mix（Cat#12605）、2×Ultima HF Amplification Mix for MGI®（Cat#13344）共同用于DNA文库构建，通过MGI®高通量平台测序验证其有效性。
本产品中提供的所有试剂组分，都经过严格的质量与功能验证，最高程度保障产品优异性能与批间稳定性。
产品组分
|
产品编号 |
组分名称 |
产品编号/规格 |
||
|
12604ES24 |
12604ES96 |
12604ES98 |
||
|
12604-A |
Fast T4 DNA Ligase |
120 μL |
480 μL |
4.8 mL |
|
12604-B |
5×Fast Ligation Buffer |
480 μL |
2 × 960 μL |
2 × 9.6 mL |
运输与保存方法
冰袋运输。-20℃保存，效期一年。
注意事项
1）为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
2）本产品仅作科研用途！
使用方法
1. Adapter的质量和使用浓度直接影响连接效率及文库产量。Adapter用量过高可能会产生较多Adapter Dimer；用量较低可能会影响连接效率及文库产量。表1列举了使用本试剂盒，不同Input DNA量推荐的Adapter使用量。
表1 . 500 pg-1 μg Input DNA推荐的Adapter使用浓度
|
Input DNA |
Adapter : Input DNA摩尔比 |
Input DNA |
Adapter : Input DNA摩尔比 |
|
1 μg |
10:1 |
50 ng |
100:1 |
|
500 ng |
20:1 |
25 ng |
200:1 |
|
250 ng |
40:1 |
1 ng |
200:1 |
|
100 ng |
100:1 |
500 pg |
400:1 |
【注】：Input DNA摩尔数（pmol）≈ Input DNA质量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均长度（bp）]。
2. 目前主流的合并法DNA建库试剂盒，其末端修复和加A处理后一般不纯化，直接进行接头连接。本试剂盒可与主流的商业化末端修复加A体系兼容，进行接头连接。反应体系请参考如下配制，涡旋瞬离后置于20℃，反应15分钟即可。
表2 . Adapter Ligation体系
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名称 |
体积（μL） |
|
dA-tailed DNA |
60 |
|
5×Fast Ligation Buffer |
20* |
|
Fast T4 DNA Ligase |
5 |
|
DNA Adapter |
X** |
|
ddH2O |
To 100 |
【注】：*对于5×Fast Ligation Buffer，请上下颠倒、振荡，充分混匀并瞬时后离心使用。
**根据自身需求加入适量的接头。
【接头添加计算举例】：当Input DNA为100 ng，Input DNA长度为300 bp时，接头应该添加多少？
第一步，计算Input DNA摩尔数。公式：Input DNA摩尔数（pmol）≈ Input DNA质量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均长度（bp）]；
Input DNA 摩尔数（pmol）=100÷（0.66×300）=0.5 pmol；
第二步，计算接头添加摩尔数。根据注意事项三表2查询接头添加比例
根据表2，查得Input DNA 100ng时接头添加比例100:1，则接头添加摩尔数=100×0.5 pmol=50 pmol；
第三步，计算接头添加体积。接头浓度=15 μmol/L（如使用其他接头，浓度需要依据其他接头浓度参数）；
接头添加体积=接头添加摩尔数（50 pmol）÷接头浓度（15 μmol/L）=3.34 μL（注：15 μmol/L=15 pmol/μL）
综上，接头可添加3.4 μL，加1.6 μL水补齐至5 μL。（注：接头最大加入体积不超过5 μL）
HB210810
Hieff NGS® Ultima DNA Ligation Module是针对Illumina®与MGI®高通量测序平台文库构建专业设计的DNA连接模块，其中最大的亮点为本产品采用一款我公司自主研发的高效连接酶Fast T4 DNA ligase。本产品可在双链平末端DNA片段或双链3´-dA DNA片段的两端连接Illumina®与MGI®测序平台适用的DNA接头，具有连接效率高、简便、可实现自动化等优势。
本产品已与Hieff NGS® Ultima Endperp Mix（Cat#12605），2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification（Cat#12621）共同用于DNA文库构建，通过Illumina®高通量平台测序验证其有效性。
本产品已与Hieff NGS® Ultima Endprep Mix（Cat#12605）、2×Ultima HF Amplification Mix for MGI®（Cat#13344）共同用于DNA文库构建，通过MGI®高通量平台测序验证其有效性。
本产品中提供的所有试剂组分，都经过严格的质量与功能验证，最高程度保障产品优异性能与批间稳定性。
产品组分
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产品编号 |
组分名称 |
产品编号/规格 |
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12604ES24 |
12604ES96 |
12604ES98 |
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12604-A |
Fast T4 DNA Ligase |
120 μL |
480 μL |
4.8 mL |
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12604-B |
5×Fast Ligation Buffer |
480 μL |
2 × 960 μL |
2 × 9.6 mL |
运输与保存方法
冰袋运输。-20℃保存，效期一年。
注意事项
1）为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
2）本产品仅作科研用途！
使用方法
1. Adapter的质量和使用浓度直接影响连接效率及文库产量。Adapter用量过高可能会产生较多Adapter Dimer；用量较低可能会影响连接效率及文库产量。表1列举了使用本试剂盒，不同Input DNA量推荐的Adapter使用量。
表1 . 500 pg-1 μg Input DNA推荐的Adapter使用浓度
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Input DNA |
Adapter : Input DNA摩尔比 |
Input DNA |
Adapter : Input DNA摩尔比 |
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1 μg |
10:1 |
50 ng |
100:1 |
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500 ng |
20:1 |
25 ng |
200:1 |
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250 ng |
40:1 |
1 ng |
200:1 |
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100 ng |
100:1 |
500 pg |
400:1 |
【注】：Input DNA摩尔数（pmol）≈ Input DNA质量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均长度（bp）]。
2. 目前主流的合并法DNA建库试剂盒，其末端修复和加A处理后一般不纯化，直接进行接头连接。本试剂盒可与主流的商业化末端修复加A体系兼容，进行接头连接。反应体系请参考如下配制，涡旋瞬离后置于20℃，反应15分钟即可。
表2 . Adapter Ligation体系
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名称 |
体积（μL） |
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dA-tailed DNA |
60 |
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5×Fast Ligation Buffer |
20* |
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Fast T4 DNA Ligase |
5 |
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DNA Adapter |
X** |
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ddH2O |
To 100 |
【注】：*对于5×Fast Ligation Buffer，请上下颠倒、振荡，充分混匀并瞬时后离心使用。
**根据自身需求加入适量的接头。
【接头添加计算举例】：当Input DNA为100 ng，Input DNA长度为300 bp时，接头应该添加多少？
第一步，计算Input DNA摩尔数。公式：Input DNA摩尔数（pmol）≈ Input DNA质量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均长度（bp）]；
Input DNA 摩尔数（pmol）=100÷（0.66×300）=0.5 pmol；
第二步，计算接头添加摩尔数。根据注意事项三表2查询接头添加比例
根据表2，查得Input DNA 100ng时接头添加比例100:1，则接头添加摩尔数=100×0.5 pmol=50 pmol；
第三步，计算接头添加体积。接头浓度=15 μmol/L（如使用其他接头，浓度需要依据其他接头浓度参数）；
接头添加体积=接头添加摩尔数（50 pmol）÷接头浓度（15 μmol/L）=3.34 μL（注：15 μmol/L=15 pmol/μL）
综上，接头可添加3.4 μL，加1.6 μL水补齐至5 μL。（注：接头最大加入体积不超过5 μL）
HB210810
Q: 12640-A 组分放在 4 度冻住了？
A: 该现象属于正常现象。12640 包含以下组分，其中 A 组分为荧光染料母液，含有DMSO，DMSO 低温易凝固，使得看上去A 管像被冻住一样，该现象其实并不是常规意义上的“结冰”冻住，所以不会影响其中荧光染料的性能。
Q: 产品成分只有两个标准品，制作标准曲线的时候需要对 standard 2 进行多梯度稀释吗？
A: 使用Qubit定量的时根据操作步骤两个标准品即可。如果使用酶标仪等，需要多个梯度制作标准曲线，可以使用 1×TE 对standard 2 进行梯度稀释。
Q: 用酶标仪代替Qubit检测，如何选择酶标板？波长如何设定？
A: 选择黑色的酶标板。波长：Ex=480 nm，Em=520 nm。
Q：标准品荧光值与之前使用的有差异？一般标准品的荧光值应该是多少呢？
A：标准品没有一个确定的荧光值，且不同的仪器之间可能都有差异。可多做几个复孔或者多做几个梯度，呈线性关系即可。
[1] Xiong J, Wang P, Shao WX, et al. Genome-wide mapping of N4-methylcytosine at single-base resolution by APOBEC3A-mediated deamination sequencing. Chem Sci. 2022;13(34):9960-9972. Published 2022 Aug 11. doi:10.1039/d2sc02446b(IF:9.969)