ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit
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COA
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产品简介
Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台研发的用于ATAC-Seq实验的文库构建试剂盒，适用于100-100,000个细胞起始量的样本建库。ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)技术能够利用Tn5 转座酶识别染色质开放区域，快速有效的反映表观遗传状态。经过细胞收集及裂解、转座酶片段化、磁珠回收片段化DNA、文库扩增和磁珠分选等步骤，DNA片段最终转化为适用于Illumina®平台测序的文库。
本试剂盒包含两个独立模块：BOX-I和BOX-II。BOX-I为提取DNA的DNA Extract Beads和回收文库的DNA Clean Beads，BOX-II包含细胞裂解、片段化以及后续文库扩增所需的所有试剂。此外，本试剂盒已在不同种类样本(如K562、MCF-7细胞，小鼠肝脏等)中进行了验证，均具有良好的建库效率和建库产量。本试剂盒提供的所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证，最大程度上保证了文库的稳定性和重复性。
产品信息
|
货号 |
12208ES04 / 12208ES12 / 12208ES48 |
|
规格 |
4 T / 12 T / 48 T |
组分信息
|
组分编号 |
组分名称 |
12208ES04 |
12208ES12 |
12208ES48 |
||
|
BOX I |
12208–A |
|
Wash Buffer |
266 μL |
798 μL |
3192 μL |
|
12208–B |
|
Terminate Solution |
20 μL |
60 μL |
240 μL |
|
|
12208–C |
|
DNA Extract Beads |
520 μL |
1560 μL |
6.24 mL |
|
|
12208–D |
|
DNA Clean Beads |
310 μL |
930 μL |
3.72 mL |
|
|
BOX II |
12208–E |
|
Suspension Buffer |
194 μL |
582 μL |
2.328 mL |
|
12208–F |
|
1 % Digitonin |
4 μL |
12 μL |
48 μL |
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12208–G |
|
10% Tween-20 |
4 μL |
12 μL |
48 μL |
|
|
12208–H |
|
10% NP40 |
2 μL |
6 μL |
24 μL |
|
|
12208–I |
|
Reaction Buffer |
100 μL |
300 μL |
1.2 mL |
|
|
12208–J |
|
Transposome Mix |
8 μL |
24 μL |
96 μL |
|
|
12208–K |
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Canace® Pro Amplification Mix |
100 μL |
300 μL |
1.2 mL |
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12208–L |
|
N5 (N501)* |
4 μL |
– |
– |
|
|
12208–M |
|
N7 (N701)* |
4 μL |
– |
– |
|
注意：*测序时Index序列N501-ATAGAGAG，N701-TAAGGCGA。
储存条件
BOX-I：2~8℃保存，BOX-II：-25~-15℃保存，切不可弄错！有效期1年。
使用说明
一、细胞准备
1. 在室温条件下收集细胞并计数，死亡的细胞染色质松散，暴露出大量的裸DNA，这些DNA更容易被转座酶复合物识别转座，随机切割会造成比较强的噪音信号，建议样本细胞活性不低于90% (细胞活性可以用台盼蓝染色来鉴定)。
2. 贴壁较紧的细胞如Hela细胞等可用Accutase或者Trypsin部分消化获得。
3. 植物或真菌细胞可通过特殊处理获得原生质体或细胞核进行实验，方法可参考附录三。
4. 新鲜或者冻存的动物组织可通过特殊处理获得细胞/细胞核悬液进行实验，方法可参考附录四。
二、操作流程
ATAC-seq技术是通过转座酶识别开放染色质，转座时将转座子两端的接头序列Adapter 1和Adapter 2插入靶DNA的两端，形成一端带有Adapter 1，一端带有Adapter 2的DNA，之后利用DNA聚合酶将转座形成的切口补齐。这种产物经N5 (N5XX)和N7 (N7XX)引物扩增，产物经纯化和分选后即为可测序文库。对文库进行测序后的数据分析即可得到开放染色质区域的全基因组图谱。
9. 将PCR管短暂离心，置于磁力架上分离磁珠和液体，待溶液澄清后(约3-5 min)，小心转移20 μL上清至新的EP管中，于-20℃保存。
3文库质量控制
通常情况下，对构建好的文库进行浓度和长度分布检测，具体请参见注意事项，主要包括：
a. 浓度检测：用Qubit对文库的浓度进行检测。
b. 质量检测：用Qsep或者安捷伦2100检测文库片段分布。
图2 ATAC文库Agilent 2100检测结果
转座酶切割核小体时，ATAC文库需要有明显的核小体模型分布，ATAC文库第一个文库分布在170-200bp左右，为核小体Free模型；后面出现的第二个峰为一个核小体模型，可能会出现两个核小体模型。如果酶量相对细胞过量，则文库可能只有核小体Free模型，即只有一个主峰。
产品简介
Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台研发的用于ATAC-Seq实验的文库构建试剂盒，适用于100-100,000个细胞起始量的样本建库。ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)技术能够利用Tn5 转座酶识别染色质开放区域，快速有效的反映表观遗传状态。经过细胞收集及裂解、转座酶片段化、磁珠回收片段化DNA、文库扩增和磁珠分选等步骤，DNA片段最终转化为适用于Illumina®平台测序的文库。
本试剂盒包含两个独立模块：BOX-I和BOX-II。BOX-I为提取DNA的DNA Extract Beads和回收文库的DNA Clean Beads，BOX-II包含细胞裂解、片段化以及后续文库扩增所需的所有试剂。此外，本试剂盒已在不同种类样本(如K562、MCF-7细胞，小鼠肝脏等)中进行了验证，均具有良好的建库效率和建库产量。本试剂盒提供的所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证，最大程度上保证了文库的稳定性和重复性。
产品信息
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货号 |
12208ES04 / 12208ES12 / 12208ES48 |
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规格 |
4 T / 12 T / 48 T |
组分信息
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组分编号 |
组分名称 |
12208ES04 |
12208ES12 |
12208ES48 |
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BOX I |
12208–A |
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Wash Buffer |
266 μL |
798 μL |
3192 μL |
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12208–B |
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Terminate Solution |
20 μL |
60 μL |
240 μL |
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12208–C |
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DNA Extract Beads |
520 μL |
1560 μL |
6.24 mL |
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12208–D |
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DNA Clean Beads |
310 μL |
930 μL |
3.72 mL |
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BOX II |
12208–E |
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Suspension Buffer |
194 μL |
582 μL |
2.328 mL |
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12208–F |
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1 % Digitonin |
4 μL |
12 μL |
48 μL |
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12208–G |
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10% Tween-20 |
4 μL |
12 μL |
48 μL |
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12208–H |
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10% NP40 |
2 μL |
6 μL |
24 μL |
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12208–I |
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Reaction Buffer |
100 μL |
300 μL |
1.2 mL |
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12208–J |
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Transposome Mix |
8 μL |
24 μL |
96 μL |
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12208–K |
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Canace® Pro Amplification Mix |
100 μL |
300 μL |
1.2 mL |
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12208–L |
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N5 (N501)* |
4 μL |
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12208–M |
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N7 (N701)* |
4 μL |
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注意：*测序时Index序列N501-ATAGAGAG，N701-TAAGGCGA。
储存条件
BOX-I：2~8℃保存，BOX-II：-25~-15℃保存，切不可弄错！有效期1年。
使用说明
一、细胞准备
1. 在室温条件下收集细胞并计数，死亡的细胞染色质松散，暴露出大量的裸DNA，这些DNA更容易被转座酶复合物识别转座，随机切割会造成比较强的噪音信号，建议样本细胞活性不低于90% (细胞活性可以用台盼蓝染色来鉴定)。
2. 贴壁较紧的细胞如Hela细胞等可用Accutase或者Trypsin部分消化获得。
3. 植物或真菌细胞可通过特殊处理获得原生质体或细胞核进行实验，方法可参考附录三。
4. 新鲜或者冻存的动物组织可通过特殊处理获得细胞/细胞核悬液进行实验，方法可参考附录四。
二、操作流程
ATAC-seq技术是通过转座酶识别开放染色质，转座时将转座子两端的接头序列Adapter 1和Adapter 2插入靶DNA的两端，形成一端带有Adapter 1，一端带有Adapter 2的DNA，之后利用DNA聚合酶将转座形成的切口补齐。这种产物经N5 (N5XX)和N7 (N7XX)引物扩增，产物经纯化和分选后即为可测序文库。对文库进行测序后的数据分析即可得到开放染色质区域的全基因组图谱。
9. 将PCR管短暂离心，置于磁力架上分离磁珠和液体，待溶液澄清后(约3-5 min)，小心转移20 μL上清至新的EP管中，于-20℃保存。
3文库质量控制
通常情况下，对构建好的文库进行浓度和长度分布检测，具体请参见注意事项，主要包括：
a. 浓度检测：用Qubit对文库的浓度进行检测。
b. 质量检测：用Qsep或者安捷伦2100检测文库片段分布。
图2 ATAC文库Agilent 2100检测结果
转座酶切割核小体时，ATAC文库需要有明显的核小体模型分布，ATAC文库第一个文库分布在170-200bp左右，为核小体Free模型；后面出现的第二个峰为一个核小体模型，可能会出现两个核小体模型。如果酶量相对细胞过量，则文库可能只有核小体Free模型，即只有一个主峰。
Q：ATAC文库产量低的原因？
A：1. 细胞核投入量少或实验过程中细胞核部分丢失。细胞核离心后弃去上清液时容易造成丢失，在离心时，统一EP管方向并标记细胞沉积位置，弃上清时避免碰到沉淀，在实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡；2. 转座酶切割不充分，这种原因有很多，首选需要确认细胞核的纯度，如果杂质较多，可能影响转座酶的效果，提取细胞核时尽量多清洗几遍，以获得纯净的细胞核。
Q：TSS富集程度不好是什么原因？如何增加？
A：TSS富集效果不好通常是由于实验样本细胞活性不好或游离DNA较多。可对细胞或细胞核进行镜检确认细胞或细胞核完整性。
Q：ATAC文库中的线粒体reads较多，如何减少？
A：通常是由于细胞核提取过程中，细胞漂洗时未能吸出所有的上清液(其中包含mtDNA)。应吸尽上清，同时注意不要影响到细胞核完整性。或者可以多清洗几遍，提升细胞核的纯度。
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