pacbio NB-900-601-01说明书

Nanobind UL library prep kit

产品详细信息
高通量和超长读取（100kb–1+Mb）现在齐头并进，使用Nanobind超长测序可以成为您实验室的常客。该方法已用于生成长的测序数据。我们在2020年1月以2.44 Mb的读取量打破了之前的2.3 Mb记录。几个月后，我们以2.9 Mb的读取量打破了这一记录。最近，Oxford Nanopore以4.1 Mb的读取量打破了我们的记录。
任何地方*高的读取长度和吞吐量组合
与以前的超长测序方法相比，这种新方法产生的吞吐量提高了10–100倍。在多种样本类型中，持续获得1–2+Mb的最长读取，50–100+kb的读取长度N50，MinION上的吞吐量为10–20+Gb，PromethION上的产量为50–100+Gb。
该方法旨在大化100+kb和200+kb读取中的数据量。虽然该方法可用于生成超过200kb的读取长度N50，但超长数据吞吐量实际上是最大的，读取长度更适中，N50为50–100kb。秘诀是保持高孔隙占有率。
方法
首先，使用合适的纳米结合试剂盒（CBB、植物细胞核或组织）提取UHMW（50kb–1+Mb）DNA。我们开发了全新的超高分子量DNA提取协议，可减少DNA的粘性，提高测序吞吐量，甚至延长读取长度。每个Nanobind UL文库制备试剂盒都配有UHMW DNA辅助试剂盒，该试剂盒与适当的Nanobind试剂盒一起用于UHMW DNA提取。
然后，纳米结合UL文库制备试剂盒与牛津纳米孔超长DNA测序试剂盒（SQK-ULK001）一起使用，以制备用于测序的UHMW DNA。基于转座酶的方法用于将测序适配器和运动蛋白添加到UHMW DNA中。ONT试剂盒包含所有酶和试剂。我们的试剂盒包含Nanobind盘和缓冲液，用于进行反应清理。与磁性粒子不同，我们的磁性纳米结合盘能够在不剪切的情况下快速纯化大碱基DNA，首先在提取中，然后在文库制备中。
与其他超长测序方法相比，这种新方法不使用快速测序试剂盒（SQK-RAD004）。与Oxford Nanopore合作，对提取、文库制备和测序进行了初步优化，以实现高通量增加的高孔隙占有率。它与MinION、GridION和PromethION兼容，对核酸酶冲洗反应良好。
标准Nanobind超长测序方案生成一个6X MinION文库或一个3x PromethION文库，该文库被拆分并顺序加载到同一个流动细胞上，通过核酸酶冲洗进行间隔，以大化吞吐量（每个流动细胞3次加载，每个24小时）。MinION/GridION/PromethION使用相同的协议。
该方案最初是在培养的细胞、细菌、人类血液和有核血液样本上开发的。从那时起，它已扩展到动物组织和植物样本。目前正在改进读取长度并进一步扩展样本类型。
包括：
1.NAF无醇结合缓冲液
2.WAF无醇洗涤缓冲液
3.EB+洗脱缓冲液
4、6个Nanobind磁盘
每个试剂盒可用于使用3X个库运行6个流动池。
还包括UHMW DNA辅助试剂盒，该试剂盒与适当的Nanobind试剂盒结合使用，以进行UHMW DNA提取。每个辅助套件包含：
1.10X RBC裂解缓冲液
2.蛋白酶K
3.核糖核酸酶A
4.CLE3消化缓冲液
5.ULL裂解/结合缓冲液
6.CS消化补充剂
协议
Nanobind UL文库制备试剂盒手册
图书馆准备-超长测序协议
有关完整列表，请参阅Nanobind支持页面。
Oxford Nanopore的超长文库制备方案可在此处获得。处理步骤与我们的步骤相同，但它包含加载/冲洗的额外指导，而样本准备的指导更少。