精准医疗系列之三:基因检测行业调研

最近我们深入基因检测行业一线,走访了百傲科技(基因芯片) 、昂朴生物(基因测序创业公司) 、遗传专科医院(产前诊断) 、肿瘤研究所(肿瘤分子诊断) 、华大基因(测序服务)等公司,了解了行业的发展现状。调研的主要内容整理如下,欢迎大家一起交流探讨。

一、 基因检测的几种技术,不仅仅是测序

基因检测是精准医疗的基础,之前市场上的报告都集中关注于基因测序,但是除了测序外,PCR (qPCR、DDPCR)、基因芯片(固相芯片、液相芯片,检测 CNV、SNP)也都是临床中常用的基因检测手段。目前高通量测序主要应用于无创产前诊断(唐氏筛查) 、肿瘤基因检测、易感基因筛查;基因芯片主要分为 CNV(基因片段微缺失微重复)、 SNP(单核苷酸多态性)两种,主要应用于产前诊断、药物代谢基因检测、易感基因检测;PCR 分为qPCR、DDPCR 两种,主要应用于肿瘤、耳聋基因少量突变位点的检测。

1.1 qPCR 和 DDPCR

PCR 在基因检测中的主要应用是多重荧光定量 PCR (即 qPCR) , qPCR 的检测方法有两种,分别是 ARMS-qPCR 和 Tagman-qPCR, 原理都是:单核苷酸发生改变后, 探针与序列的结合减弱,导致 PCR 反应不能正常进行,通过检测荧光产物就能知道位点是否发生了改变,并且通过荧光强度能够实现定量。DDPCR 与普通荧光定量 PCR 原理一样,但是它能将反应混合液分割为微小液滴,每个液滴不包含或者只包含数个反应体系, 这样通过液滴数量和反应量(符合泊松分布)就能更加精确检测突变位点和突变基因含量。

这两种 PCR 方法的特点是:① 能够定量检测,DDPCR 的精确程度很高;② 在扩增完成后就能得到结果,不需要进一步进行杂交或者测序,检测时间短。③ 一般对仪器无限制,差别在于检测试剂盒。目前主要产品有:EGFR 基因检测、KRAS 基因检测、BRAF 基因检测、四项耳聋基因检测等。

1.2 基因芯片,包含固相芯片和液相芯片

基因芯片对检测已知突变位点具有较大优势, 主要分为基因片段微缺失微重复 (CNV)检测、基因分型(SNP 或突变)检测两种,原理是提取患者基因组 DNA,然后在特定引物下扩增,纯化扩增产物与基因芯片上的探针杂交,然后在扫描仪上读取结果。

CNV 主要用于产前诊断以及遗传病检测,CNV 胎儿一般在妊娠期间流产,出生后的胎儿临床表现为智力低下、发育迟缓、癫痫及伴有先天性心脏病, 所以医院中的心内科用得比较多。基因分型检测可以用于大量 SNP 位点以及部分突变位点的检测,可以检测易感基因和基因突变位点。

国外知名的芯片公司有 Illumina、 Affymetrix、 Agilent 公司, 美国基因检测公司 23andMe使用的就是基因芯片检测,具体是在 Illumina HumanOmni Express-24 format chip 基础上改进而来,大约可以检测 100 万个 SNP。国内的博奥生物耳聋基因芯片可以检测 4 个基因中的 9 个基因突变位点、宏灏基因的高血压芯片可以对 5 个高血压药物相关基因位点进行检测、百傲科技有 4 款基因芯片产品,主要涉及药物代谢、乙醛脱氢酶、5、10 亚甲基四氢叶酸还原酶检测。

值得注意的是,我们通常所说的基因芯片是固相基因芯片,也就是把核酸探针片段是结合在玻片或者塑料片上面; 而液相芯片起源于流式细胞仪, 是一种以微球为基础的多指标数据采集和分析平台, 微球上连接有核酸探针,并且含有荧光标记, 通过杂交后的荧光反应来判断检测结果, 因为分子杂交是在悬浮溶液中进行, 所以称为“液相生物芯片 ”。 液相基因芯片减少了空间限制,提供了充分的表面积,反应更为充分,所以精确度和准确度也更高。

基因芯片的特点是: ① 需要先扩增,然后再杂交, 少量位点检测的时间比 PCR 长, 但是多个位点检测时比 PCR 方便;② 基因芯片可以实现高通量检测,特别在 CNV 检测方面具有优势; ③ 由于不同探针杂交条件的差异、 空间限制等因素,高通量芯片检测时会有 10%左右的假阳性假阴性结果。④ 芯片扫描仪是闭源,不同的芯片扫描仪器一般不能混用。

抗葡萄糖转运蛋白GLUT1抗体[ epr3915 ](ab115730)

种属反应性

与反应:小鼠、大鼠、人
  • 应用 AB评论 说明 国际商会/如果 1 / 100 – 1 / 500。 WB 1 / 100000。检测带约40-60 kDa(预测分子量:54 kDa)可阻断。葡萄糖转运蛋白GLUT1多肽(ab202335)

    我们不会推荐沸腾由于单糖转运体可能不可逆聚集。如果样品是煮它可以防止一些蛋白进入凝胶或产生的多聚体,常常被误解为背景。样品应在标准SDS溶解,在室温下保持在装货前缓冲液。

    ihc-p 1 / 250 – 1 / 500。进行热介导抗原修复免疫组化染色协议开始之前。

    见协议(链路:http://www.abcam.com/protocols/ihc-antigen-retrieval-protocol

    流式细胞 1 / 40。

    对于未纯化,使用1 / 100 – 1 / 1000。

    ab172730兔单克隆抗体,适用于该抗体的同型对照。

  • 靶标

    • 功能葡萄糖转运蛋白。这一亚型可能是负责构或基础葡萄糖的摄取。有一个非常广泛的底物特异性;可运输范围广泛包括戊糖和己糖醛糖。
    • 组织特异性在人体许多组织变量水平的表达。
    • 疾病相关缺陷SLC2A1是1型葡萄糖转运体缺陷综合征的病因(GLUT1DS)[ 606777 ];MIM:又称为血脑屏障葡萄糖转运缺陷。该病会导致血脑屏障葡萄糖转运缺陷。它的特点是小儿惊厥,发育迟缓,和小头畸形。缺陷是18型肌张力障碍SLC2A1原因(dyt18)[ 612126 ] MIM。dyt18是运动诱发的阵发性肌张力障碍和运动障碍。肌张力障碍的定义是存在持续不随意肌收缩,常导致异常的姿势。dyt18的特点是发作的不自主运动引发一定的刺激如突然的运动或长时间运动。在一些患者非自愿choreoathetotic劳累诱发的肌张力障碍,,和弹道运动可能与性相关的溶血性贫血。
    • 序列相似性属于主要促进超家族。糖转运蛋白(TC 2。A.1.1)家庭。葡萄糖转运蛋白家族。
    • 翻译后修饰磷酸化后,DNA损伤,可能是通过ATM、ATR。
    • 细胞定位细胞膜。黑素小体。主要定位在细胞表面(相似性)。通过在体组分质谱从I期到IV期。